农村自建房转让协议可以公证吗

不可以。农村宅基地属于农民集体所有。
《土地法》第九条规定：城市市区的土地属于国家所有。农村和城市郊区的土地，除由法律规定属于国家所有的以外，属于农民集体所有;宅基地和自留地、自留山，属于农民集体所有。