要根据土地的取得方式和合作协议的具体内容来确定。如果涉及土地由村委会统一从承包农户转包后，以作价入股的形式与企业合作建房，并分取房产或利润，则应界定为违法转让集体土地使用权用于非农业建设。如果村委会和企业一起从承包农户转包土地使用权后共同开发建设，则应界定为企业和村委会共同违法占地。该案案情未对合作用地的取得方式和合作协议的具体内容进行说明。
村委会和违法用地企业一并进行了严厉查处，值得充分肯定。当前，许多发生在集体土地上的违法用地行为，都涉及村委会这一违法主体。有的是村委会将集体土地违法出租、转让用于非农业建设，有的和企业或个人合作共同违法占地建设。在此类案件查处过程中，国土资源主管部门往往只注重对违法占地企业或个人的查处，忽略或碍于难于执行到位，而未对村委会的违法行为进行查处，既有碍执法公正，也是违法占地行为屡禁不止的一个原因。该案对违法企业和村委会均进行了严肃查处，除行政处罚外，还分别追究了村委会主任和企业法人代表的刑事责任，起到引良好的惩戒和警示作用，值得学习和借鉴。
《中华人民共和国刑法修正案(二)》将《刑法》第三百四十二条修改为“违反土地管理法规，非法占用耕地、林地等农用地，改变被占用土地用途，数量较大，造成耕地、林地等农用地大量毁坏的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。”最高人民法院的有关司法解释只对违法占用、破坏耕地和林地的具体数量标准作出了规定，对于违法占用、破坏其他农用地的数量标准尚未作出解释。但是，由于修改后的《刑法》第三百四十二条规定的是违法占用耕地、林地等农用地，因此，对违法占用、毁坏耕地、林地之外的其他农用地数量较大、毁坏严重的，国土资源主管部门也应将案件移送公安机关。该案中国土资源局的有关做法符合法律规定，该案也被公安机关立案侦查，被法院判决构成违法占用农用地罪。